内裏（だいり）は、天皇のご在所である。長岡宮の内裏は、遷都当初大極殿の北側ないし西方に設けられ（西宮：第一次内裏）、延暦８（789）年２月に東側に移建された（第一次内裏：東宮）と考えられている。

調査で確認されたのは、第二次内裏である。

内裏は、正殿を中央やや南寄りに配置し、北部に後宮、中央部に天皇の私的空間南半部に公的空間を配す。発掘調査で、内裏正殿、進物所相当施設、登華殿（とうかでん）、弘徽殿（こきでん）、淑景舎（しゅげいしゃ）など、平安宮内裏図に示された殿舎を確認しており、平安宮内裏の原型が長岡宮にあることが明らかになっている。内裏全体は、159ｍ四方の築地回廊で囲まれ、10尺（１尺：29.6cm）を割り付け基準として殿舎を配置していた（内郭）。内郭北西隅は、1967年の発掘成果をもとに史跡公園として整備されている。平安宮には、内郭を囲む外郭があるが、長岡宮に外郭があったか否かは確定していない。

少なくとも、平安宮の中和院（ちゅうかいん）相当施設はないことが発掘調査で明らかになった。平安宮中和院では、天皇が神を迎えて酒饌を供する神今食（じんこんじき）と呼ばれる祭事が行われた。長岡宮では、内郭内でこの儀式を行ったと考えられる。

内裏正殿復原模型（向日市文化資料館）