天皇が儀式や謁見を行う場所が大極殿（だいごくでん）、控えの場が後殿である。大極殿は、昭和46（1971）年の発掘調査で基壇(きだん）の規模が確定した。基壇は、東西42.8ｍ（約145尺）、南北21.6ｍ（約73尺）、床面積約924㎡（約280坪）、推定高2.4ｍある。梁間（はりま）２間、桁行（けたゆき）７間の四面庇付（しめんびさしつき）建物に復原されている。壇上積基壇総瓦葺き建物である。上屋構造は、寄せ棟と推定されている。南面に３つの階段、北面に２つの階段と後殿につながる軒廊（こんろう）がある。

後殿は、大極殿の真北にある。発掘調査で、礎石据付穴、基壇痕跡がすべて確認された。梁間２間（12.8ｍ）、桁行７間（27.9ｍ）、面積357㎡（約108坪）ある。礎石据付穴の遺存状況から、推定高1.1ｍと、大極殿に比べ低い基壇であったと考えられる。

大極殿の前庭には、元日朝賀の際、７本ののぼり旗―宝幢（ほうどう）―が立てられた。1997年、2003年の発掘調査で、このうち日像（にちぞう）、朱雀（すざく）、青龍（せいりゅう）、玄武（げんぶ）、白虎（びゃっこ）の各宝幢構築穴を確認した。東西６ｍ間隔に正確に配列されたことが明らかになっている。

大極殿と後殿は回廊に囲まれている。回廊は両側に通路をもつ複廊である。

大極殿院は、東西97.68ｍ、南北114.848ｍの規模である。南門は、閤門（こうもん）と呼ばれる。梁間２間（8.9ｍ）、桁行５間（22.25ｍ）、面積約198㎡（約60坪）である。大極殿院の施設は、後期難波宮の施設を移建して造営された。平安宮には、この門は無く、代わりに龍尾壇（りゅうびだん）がつくられるので、歴代の都城で最後の閤門となる。元来、大極殿院は、天皇のご在所（内裏）の南にあり、天皇の私的空間と位置づけられる。しかし、長岡宮で内裏が独立し、回廊で囲まれる大極殿院が成立した。閤門は奈良時代までの大極殿院の性格を残すものと言える。